السبب الرئيسي للإصابة الطفل بالتهاب المسالك هو بكتيري حيث أن تسرب هذه البكتيريا تسبب عدوى والتهاب وقد يصيب الكلى والمثانة ومجرى البول اما فيما يتعلق بالاسباب فقد تختلف من الفتيان الى الفتيات، حيث أن مجرى البول عند الاناث يسمح بدخول البكتيريا بشكل أسهل من الصبيان.
